公司前身為成立于1972年的內(nèi)蒙古冶金地質(zhì)物探隊,曾先后隸屬于冶金部和有色金屬工業(yè)總公司。1992年更名為內(nèi)蒙古自治區(qū)有色地質(zhì)勘查局綜合普查隊(以下簡稱綜合普查隊)。2000年開始屬地化管理。2011年注冊成立內(nèi)蒙古有色地質(zhì)礦業(yè)(集團)綜合普查有限責任公司,與綜合普查隊按一套人馬兩塊牌子的模式運行。2019年,公司整合內(nèi)蒙古有色地質(zhì)礦業(yè)(集團)有限責任公司下屬的內(nèi)蒙古有色地質(zhì)礦業(yè)(集團)物探勘查有限責任公司(以下簡稱物探公司),形成了在一套人馬管理下,以內(nèi)蒙古有色地質(zhì)礦業(yè)(集團)綜合普查有限責任公司為主體,綜合普查隊和物探公司共3個法人單位一體運行的管理體系。2024年重組后,經(jīng)過進一步規(guī)范職能配置、內(nèi)設機構和人員編制,共設立12個部室,4個三級公司(兩家獨立法人、兩家非獨立法人)。